Иногда сталкеры, не желающие примыкать ни к одной из существующих группировок, объединяются в кланы, скооперировавшись с друзьями и проверенными знакомыми. Главный принцип такого объединения – держаться вместе, чтобы не истребили поодиночке.

Военизированная группировка, отличающаяся строгой дисциплиной: её члены живут фактически по уставу. Только представители "Долга" не торгуют уникальными порождениями Зоны с внешним миром: по слухам, все найденные этими людьми артефакты сдаются учёным.
Каждый "долговец" считает своей главной целью защиту мира от воздействия Зоны. Большинство операций группировки связаны с истреблением монстров, поэтому рейды "Долга" нередко избавляют рядовых сталкеров от многих насущных проблем.
Давно и яростно враждует с группировкой "Свобода".

Анархисты и сорвиголовы, объявившие себя борцами за свободу на территории Зоны, и поэтому постоянно конфликтующие с армейскими подразделениями, военными сталкерами и группировкой "Долг".
"Свободовцы" считают, что информацию о происходящем в Зоне нельзя скрывать от человечества, таким образом оспаривая монополию правительственных организаций на владение местными тайнами и чудесами.

Представители криминального мира, пришедшие в Зону по разным причинам: заработать на продаже артефактов, скрыться от закона, купить или продать оружие. При всём этом, основным промыслом «настоящих пацанов» являются грабежи, мародерство и убийства сталкеров с целью лёгкой наживы. В Зоне много подобного элемента уровнем от шпаны до серьёзных уголовников. Живут по понятиям, вследствие чего, группировка имеет организованную иерархичную структуру во главе с «паханом».
Члены этой «понятийной» секты не редко уходят в свободное плавание, сбиваясь в небольшие группы именуемые «Ренегатами».

Люди, способные выполнить любое задание за деньги. Знают Зону и ее порождения хуже рядового сталкера, и зачастую гибнут там, где зеленый новичок заметил бы опасность.
Но что касается войны с людьми – тут они знают толк.

Немногочисленная группировка, состоящая исключительно из самых презренных личностей Зоны. Бандиты, мародеры, предатели и рецидивисты - бывшие члены других группировок, изменившие и предавшие свои взгляды. Этот сброд не имеет организованной структуры и лидера как такового. Сбиваясь в небольшие группы, охотятся за лёгкой добычей, промышляя убийствами и грабежами, как правило, молодых и неопытных сталкеров.
Чаще всего встречаются вдоль периметра аномальной зоны отчуждения.

Ренегаты - это самые аморальные сталкеры, которые настолько провинились перед своей группировкой, что их выгнали и ни под каким предлогом не принимают обратно. У них нет ниэтики, ни морали, ни законов. Их терпеть не могут все сталкеры, даже бандиты, которые тоже не особо щепетильны в плане морали, но даже они считают, что Ренегаты живут "не по понятиям". Их загнали в самую глубь Зоны - на болота, но даже и там не оставляли попыток уничтожить, что в конце концов обернулось успехом.

Группировка, скорее напоминающая религиозную секту. Её члены верят, что в центре Зоны покоится эволюционный кристалл неземного происхождения - Монолит. Большинство сталкеров презирают адептов "Монолита", считая их помешанными. Со времени своего образования группа препятствует продвижению сталкеров к центру Зоны, мотивируя это недобрыми намерениями последних в отношении Монолита. По слухам, у "монолитовцев" есть крупная база где-то ближе к центру Зоны, но точного её расположения не знает никто, кроме самих членов группировки.

Исследователи проявлений Зоны, малоизвестный клан, затерянный где-то в болотах. Достоверно никто не знает, какова их численность, чем они занимаются и какие цели преследуют. Но те редкие сталкеры, что приходили с болот, рассказывают о парнях в камуфляже небесно-синего цвета.